Образован 16 июня 1962 года как посёлок гидростроителей крупнейшего в Средней Азии гидроузла Токтогульской ГЭС. В 1960-х годах имел неофициальное наименование Комсомольск-на-Нарыне.

26 октября 1962 года Президиум Верховного Совета Киргизской ССР дал ему название Kapа-Куль, отнеся к посёлку городского типа. Указом Президиума Верховного Совета Кыргызской ССР от 7 января 1977 года посёлок был преобразован в город Кара-Куль областного подчинения.

Город расположен на террасах в ущелье, в окружении гор. В черте города находятся 2 искусственных озера (Пионерское и Комсомольское). На реке Каинды есть запруда «Карьер», а под перевалом Кок-Бель — Токтогульское водохранилище.

Наименование

На основании указа Президиума Верховного Совета Киргизской ССР от 07.01.1977 года № 1277-IX и постановления Президиума Верховного Совета Киргизской ССР № 1278-IX посёлок городского типа Кара-Куль был преобразован в город областного подчинения Ошской области.

В связи с образованием Таласской области на основании Указа ПВС Киргизской ССР от 03.09.1980 года № 614-X «О некоторых вопросах в связи с управлением Таласской и объединением Иссык-Кульской и Нарынской областей Киргизской ССР» город Кара-Куль вошел в состав Таласской области.

В связи с образованием Джалал-Абадской области на основании Закона "О совершенствовании областного деления Киргизской ССР от 14.12.1990 года город Кара-Куль вошел в состав вновь образованной Джалал-Абадской области.

С июня 2002 года на основании Постановления Законодательного Собрания Жогорку Кенеша № 830-II от 28.06.2002 года и Постановления Правительства Кыргызской Республики № 711 от 22.10.2003 года название города пишется как Каракуль.

В июне 2008 года снова переименован в Кара-Куль согласно постановлению Жогорку Кенеша Киргизии о восстановлении написания населённых пунктов страны через дефис.